Après avoir étudié l’accordéon et suivi un cursus en musicologie, Christophe Grapperon intègre la classe de chant de Daniel Delarue et se perfectionne en direction de chœur et d’orchestre avec Catherine Simonpietri et Nicolas Brochot.
En avril 2010, Laurence Equilbey lui propose de collaborer avec accentus, dont il devient le chef associé en 2013. accentus a sorti en septembre 2022 le disque récompensé par un diapason d’or « Saint-Saëns/Hahn : à la lumière » chez Alpha Classics, le premier sous la direction de Christophe Grapperon.
Christophe Grapperon assure entre 2007 et 2018 la direction musicale au sein de la compagnie Les Brigands aux côtés de Loïc Boissier. En tant que chef d’orchestre, il dirige dans de nombreuses maisons d’opéra. Marc Minkowski lui a confié la direction du chœur des Musiciens du Louvre-Grenoble de 2002 à 2007. Il dirige la grande opération Opéraoké proposée par l’Opéra-Comique en juin 2016 avec lequel il collabore régulièrement. Il succède à Rachid Safir en septembre 2016 à la direction de l’ensemble Solistes XXI.
Son activité l’amène à créer des œuvres de Régis Campo, Marc-Olivier Dupin, Thierry Escaich, François Narboni, Romain Didier, etc.
De 1995 à 2002, il est directeur pédagogique à l’Académie de Musique des Grandes Écoles et Universités de Paris dirigée par Jean-Philippe Sarcos. Il anime de nombreux stages ou master class de chant choral, d’orchestre ou de musique de chambre.
En 2023-24, il assure l’intérim de la classe de direction de chœur au CNSMD de Lyon.